L’analyse des données collectées durant le premier déconfinement, au printemps, indique que le système de dépistage mis en place en France à l’époque n’avait été capable de détecter qu’une fraction des cas symptomatiques en circulation.

Vittoria Colizza, Giulia Pullano et Laura Di Domenico nous expliquent les tenants et aboutissants de ces travaux publiés fin décembre dans la revue Nature, et font le point sur les améliorations à envisager pour éviter de devoir passer l’hiver en confinement.

The Conversation : Vos travaux portant sur le dépistage des cas de Covid-19 lors du premier déconfinement viennent d’être publiés dans la très estimée revue Nature. Pourriez-vous nous les présenter ?

Laura Di Domenico : L’objectif de ces travaux était d’évaluer les performances du système de dépistage mis en place en France au cours des premières semaines qui ont suivi le déconfinement du printemps. Nous avons pour cela évalué le taux de détection, c’est-à-dire la fraction des cas détectés par le système de dépistage en regard du nombre total de cas d’infections existant dans le pays, que nous avons estimé grâce à un modèle mathématique.

Nous nous sommes basés sur les résultats d’analyses biologiques recensés par la base de données appelée SI-DEP (Système d’Informations de DEPistage). Nous avons aussi utilisé les données d’admission à l’hôpital et celles concernant la sévérité des symptômes.

Notre modèle mathématique tenait compte à la fois des risques de transmission durant la phase présymptomatique, du rôle des individus asymptomatiques, et de celui joué par les individus présentant divers degrés de sévérité des symptômes – y compris ceux qui n’ont pas forcément consulté leur médecin. Il a été calibré sur le nombre d’admissions à l’hôpital au sein de chaque région. Ce modèle a aussi été paramétré grâce à des données empiriques pour tenir compte de la circulation de la population lors du déconfinement, en particulier les données de scolarisation et la présence sur le lieu de travail. Le respect des mesures barrières a aussi été pris en compte : nos travaux ont montré que celui-ci varie en fonction de l’âge des individus.

Ce modèle nous a permis d’obtenir une estimation du nombre de cas réels, incluant à la fois les cas symptomatiques détectés et ceux qui ne l’ont pas été. Sur cette base, nous avons pu évaluer le taux de détection.

Vittoria Colizza : Une des difficultés rencontrées par les modélisateurs au cours de cette épidémie a été de décrire la propagation du virus, sa circulation dans la population. Celle-ci change en fonction des restrictions mises en place, de la façon dont on les lève. Pendant le déconfinement, lesdites restrictions ont été levées progressivement, et la proportion de la population qui a repris le travail a changé fortement au fil des semaines. La réouverture des écoles s’est aussi faite de façon différenciée selon les régions et les degrés scolaires, sans aucune obligation : le pourcentage de présence a donc beaucoup varié.

Autre point important pour comprendre la trajectoire de l’épidémie : le délai de collecte des données. Si une personne infectée se fait tester trois jours après les premiers symptômes, cela signifie qu’elle a pu transmettre la maladie durant plusieurs jours. Pour tenir compte de ce délai et de son impact sur le nombre d’infections potentielles, nous avons utilisé des approches statistiques, sur la base des données SI-DEP et des informations que les personnes qui se sont fait dépister ont donné au moment du test : ont-ils eu des symptômes, et surtout, combien de temps avant leur démarche de dépistage.

The Conversation : La sensibilité et la spécificité des tests influent aussi sur la détection…

Oui. Cela rajoute une difficulté, mais dans le cas de ces travaux, les données provenaient uniquement de tests PCR, qui ont une spécificité et une sensibilité très élevée. Selon le moment du dépistage, cependant, il peut aussi y avoir des faux négatifs, ce qui signifie que le taux de sous-détection pourrait encore être un peu sous-estimé.

Les tests antigéniques compliquent un peu les choses aujourd’hui, essentiellement parce que leur niveau de sensibilité n’est pas encore très clair, en particulier pour les personnes peu symptomatiques, voire asymptomatiques (des études sont en cours, nous devrions avoir une vision plus claire dans les semaines à venir, maintenant que leur utilisation s’est généralisée).

The Conversation : Quels résultats avez-vous obtenus ?

Giulia Pullano : Nos travaux montrent qu’en mai et juin, 90 % des cas symptomatiques n’ont pas été détectés par le système de surveillance. Autrement dit, on ne détectait à cette époque en moyenne qu’un cas symptomatique sur 10 dans le pays.

Cependant, ce taux de détection a augmenté au fil du temps, grâce à l’amélioration du système de détection. Le délai moyen entre l’apparition des symptômes et le test a notamment diminué de 78 % entre mai et juin. À la fin du mois de juin, le taux de détection avait grimpé à 38 %.

Nos travaux soulignent aussi un point important : plus l’incidence de la maladie est élevée, plus le taux de détection chute. De nombreux cas ne sont plus détectés lorsque le virus circule fortement. En mai et juin, de grandes disparités existaient entre les régions les plus touchées et les autres.

VC : Ce résultat est à souligner, car quand on parle de tests de dépistage on parle toujours du nombre de tests qu’on fait, ainsi que du taux de positivité des tests (ndlr : Le taux de positivité des tests virologiques correspond au nombre de personnes testées positives par RT-PCR et test antigénique pour la première fois depuis plus de 60 jours, rapporté au nombre total de personnes testées positives ou négatives sur une période donnée – et qui n’ont jamais été testées positives dans les 60 jours précédents). Mais ces deux indicateurs ne permettent pas de se faire une idée de la performance du système de détection. Ils ne nous disent pas combien nous sommes capables de détecter de cas par rapport à l’ensemble des cas réels.

En mai et juin, le taux de positivité était inférieur à celui recommandé par l’OMS, et pourtant nous avons raté 9 cas sur 10. C’est parce qu’on oublie que les recommandations de l’OMS se basent sur une situation dans laquelle la surveillance des cas symptomatiques est systématique. Concrètement, cela veut dire qu’une grande majorité des personnes présentant des symptômes se font tester. On peut donc retracer leurs contacts et trouver les cas asymptomatiques correspondants. Or pendant le premier déconfinement, nous n’avons pas été capables de mettre en place une surveillance des cas symptomatiques aussi performante.

La clé du succès est vraiment d’avoir une stratégie de dépistage ciblée sur les cas symptomatiques. Aujourd’hui l’incidence hebdomadaire est d’environ 100 cas sur 100 000 personnes, soit 1 cas sur 1 000. Cela signifie que si l’on teste 10 000 personnes, on va trouver en moyenne 10 cas, ce qui est peu. Cette situation est liée au fait que nous veillons à protéger le système hospitalier en gardant une faible circulation du virus en population. Dans ce contexte, on constate que tester aléatoirement n’est pas adapté (car on détecte ainsi seulement très peu de cas). Il faut plutôt de cibler les tests.

TC : Concrètement, comment cela se traduirait-il ?

VC : Il faut réussir à tester le plus grand nombre de cas symptomatiques possibles. Mais c’est là toute la difficulté, car dans cette maladie le spectre des symptômes est large. Le virus ne donne pas à chaque fois lieu à une maladie sévère, il n’oblige pas systématiquement les gens à consulter. Si c’était le cas, comme cela l’avait été durant l’épidémie de SARS de 2002-2003, l’épidémie actuelle aurait été plus facile à maîtriser (en outre, dans le cas du SARS il n’y avait pas de phase présymptomatique durant laquelle les personnes infectées auraient pu transmettre la maladie, contrairement au SARS-CoV-2).

Le problème est celui des formes légères : la personne atteinte ne comprend pas forcément qu’elle a le Covid. Qui plus est, elle n’a pas forcément besoin de soin. Mais elle risque de propager la maladie malgré tout, qui peut alors toucher des personnes vulnérables. Un parcours de santé public, plutôt qu’un parcours de soin, est nécessaire pour ces personnes : les individus peu symptomatiques doivent être pris en charge pour que l’on puisse identifier leurs contacts, leur procurer des recommandations pour s’isoler au mieux, ainsi qu’une aide et un suivi pour la mise en place de l’isolement, etc.

TC : A-t-on progressé sur cette question ?

VC : L’accès aux tests a été simplifié, c’est un premier pas très important. Il n’y a plus besoin d’ordonnance pour se faire dépister, ce qui peut lever certaines réticences en cas de symptômes légers. Les gens n’ont pas forcément envie d’aller chez le médecin pour se faire prescrire un test s’ils ont juste un léger mal de tête. Par ailleurs, le délai engendré par cette étape supplémentaire, qui fait que l’on prenait du retard sur l’épidémie, n’existe plus. En outre, les délais se sont aussi améliorés grâce à la disponibilité des tests antigéniques.

Il faut cependant insister sur les recommandations : les gens doivent comprendre qu’il faut aller se faire dépister au moindre symptôme qui pourrait être compatible avec le Covid. Idéalement, tout symptôme d’infection respiratoire devrait encourager à se faire tester. Les symptômes spécifiques de la Covid (fatigue, perte de goût, d’odorat…) ne sont en effet pas présents systématiquement en cas d’infection.

TC : Dans ces conditions, évidemment, il faut que le système de traitement suive derrière, car beaucoup plus de gens vont se faire tester. Est-ce la raison pour laquelle une des conditions du second déconfinement était de ne pas dépasser 5000 cas par jour ?

VC : Effectivement. Ce système de dépistage-isolement fonctionne très bien dans les cas où l’incidence de la maladie est très faible. Comme nous le précisions, nos résultats montrent que le taux de détection qu’on est capable d’atteindre dépend de l’incidence : il est meilleur lorsque l’incidence est faible.

Cette loi qui met en relation le taux de détection qu’on est capable d’atteindre en fonction de l’incidence de la maladie est un bon indicateur pour dire à quel moment on peut sortir du confinement : on sait qu’à telle incidence correspond en fait tel taux de détection.

Dans une autre étude que nous avions mené lors du premier confinement, nous avions montré qu’il faut trouver au moins une infection sur deux (ce qui permet de mettre la personne à l’isolement, de trouver ses contacts) pour éviter d’avoir une résurgence de cas et pour éviter d’être obligé de mettre en place des mesures de distanciation sociale très strictes, comme le confinement.

C’est pourquoi il faut vraiment que les tests deviennent une habitude. On peut imaginer que, dans les semaines ou les mois à venir, d’autres technologies permettront d’améliorer encore la situation, comme le prélèvement salivaire, actuellement à l’étude. Au début cette approche a été mise de côté, car trop peu sensible, mais les protocoles ont été améliorés. On peut imaginer que dans quelques temps, les gens pourront se tester eux-mêmes.

Si nous voulons éviter de passer les quatre prochains mois confinés, il faut changer de paradigme.

TC : Pourquoi certains pays, comme la Corée du Sud, ont mieux réussi que la France ?

VC : Ils ont utilisé des méthodologies plus invasives, qui n’auraient pas été acceptées en France ou en Europe. La Corée du Sud croise par exemple énormément de bases de données contenant des informations sur les individus : achats par carte bancaire, caméras de vidéosurveillance, applications de traçage… La question de la vie privée y est abordée différemment qu’en France et, plus largement, en Europe. Mais ce n’est pas la seule raison du succès de ce pays. La Corée était notamment bien préparée à ce type d’épidémie car elle avait déjà vécu non seulement l’épidémie de SARS, mais aussi celle de MERS.

L’exemple de Singapour est également intéressant : tous les travailleurs de secteurs considérés comme essentiels sont testés chaque semaine. En outre, pour chaque cas symptomatique testé, 10 cas contacts sont suivis et placés en isolement préventif avant d’être testés. En France et en Europe, ce chiffre est plutôt de 3 à 4.

Mettre en place ce type de mesure requiert non seulement une logistique et des stocks, mais aussi un changement de paradigme. Nous n’avons pas cette culture qui consiste à utiliser l’isolement individuel comme arme pour combattre l’épidémie, alors que c’est un moyen de lutte traditionnel en épidémiologie. Nous avons plutôt tendance à confiner tout le monde ou presque, plutôt que les personnes à cibler.

À cela s’ajoute aussi certainement une composante culturelle : la campagne de dépistage menée au Havre n’a par exemple pas été autant suivie qu’on l’espérait.

TC : Que va-t-il se passer en janvier, après les fêtes de fin d’année ?

VC : La réponse à cette question est difficile à donner, car ce qui va se passer en janvier dépend des mesures qu’on va mettre en place : a-t-on l’intention de continuer à casser la courbe ? Va-t-on tolérer une certaine augmentation, jusqu’au moment où la tension va devenir trop importante sur les hôpitaux ?

Une chose est sûre, si on ne fait rien, nous allons sans doute assister à une augmentation des cas. Nous sommes en hiver, et les conditions sont favorables à la propagation de l’épidémie.

Il faut être bien conscient que si les gestes barrières et le port du masque sont importants, ils ne suffisent pas à endiguer à eux seuls la pandémie, sinon elle serait aujourd’hui de l’histoire ancienne : en Asie du Sud-Est, ces mesures sont en place depuis le début de l’année.

C’est ici que le dépistage intervient, de façon complémentaire. Plutôt que de se focaliser sur les vacances et les semaines à venir, il faut se placer dans une perspective de long terme. Cet hiver, nous devrons continuer à combattre cette épidémie avec les outils dont nous disposons aujourd’hui. En effet, la vaccination ne freinera probablement pas l’épidémie avant l’hiver prochain. Il ne s’agit pas d’être pessimiste, mais de réaliser qu’on ne va pas sortir de cette épidémie dans les 15 prochains jours…

TC : Le taux de détection a-t-il un impact sur la détection de nouveaux variants, tels que celui qui a entraîné l’isolement du Royaume-Uni récemment ?

VC : Sans doute, mais nous n’avons pas étudié cet aspect. Il faut savoir que seule une sous-partie des cas positifs est séquencée, et que ce nombre de séquençages varie énormément d’un pays à l’autre.

Pour ce qui est de répondre à la question que tout le monde se pose, à savoir si ce nouveau variant britannique a pu diffuser ailleurs en Europe, on peut répondre que c’est très probable, étant donné qu’il circule en Angleterre depuis septembre. Il a d’ailleurs été identifié à Rome ces derniers jours, à partir d’échantillons provenant de ressortissants qui revenaient du Royaume-Uni.